Par arrêtés du 17 mai 2016 sont désignés : « site Natura 2000 plateau de Beauregard » (zone de protection spéciale) sur les communes de La Clusaz, Manigod et Thônes. « site Natura 2000 vallée de l’Arve » (zone de protection spéciale) sur une partie du territoire des communes suivantes : Arenthon, Arthaz-Pont-Notre-Dame, Bonneville, Contamine-sur-Arve, Etrembières,...
Par arrêté du 30 mars 2016 est désigné » site Natura 2000 pelouses submontagnardes du plateau de Langres « (zone spéciale de conservation) l’espace s’étendant sur tout ou partie du territoire des communes suivantes : Arbot, Bay-sur-Aube, Perrogney-les-Fontaines, Poinsenot, Poinson-lès-Grancey.
L’arrêté du 4 mai 2016 modifie l’arrêté du 4 mai 2007 portant désignation du site Natura 2000 Baie de Morlaix (zone spéciale de conservation). La nouvelle délimitation du site Natura 2000 comprend des espaces marins et s’étend dans le département du Finistère sur tout ou partie du territoire des communes suivantes : Carantec, Henvic, Locquénolé,...
Par arrêtés du 2 et 4 mai 2016 sont désignés site Natura 2000: Côte bleue – chaîne de l’Estaque (zone spéciale de conservation) Ria d’Etel (zone spéciale de conservation) aber Wrac’h – aber Benoît renommé « abers – côte des légendes » (zone spéciale de conservation)
Par décret en date du 27 avril 2016, est classé parmi les sites de la Guyane le site de l’Habitation Vidal-Mondélice sur le territoire de la commune de Rémire-Montjoly
