Par arrêtés sont modifiés les sites Natura 2000:
- site Natura 2000 Val d’Allier Bourguignon (zone spéciale de conservation) (Nièvre)
- Le Salève (zone spéciale de conservation) (Haute-Savoie)
- Piémont vosgien (zone spéciale de conservation) (Territoire de Belfort)
- Combes Derniers (zone spéciale de conservation) (Doubs)
- Ilots de marais et coteaux calcaires au nord-ouest de la Champagne berrichonne (zone spéciale de conservation) (Cher, Indre)
Par arrêté du 1er août 2016 est désigné site Natura 2000 Vallée du Rutin, coteau de Chaumiton, étang de Saosnes et forêt de Perseigne (zone spéciale de conservation) (Sarthe).