Par arrêtés du 31 décembre 2015 sont désignés sites Natura 2000 :

• estuaire de la Loire Nord (zone spéciale de conservation);
• plateau du Four (zone spéciale de conservation);
• estuaire de la Loire Sud – baie de Bourgneuf (zone spéciale de conservation);
• plateau rocheux de l’île d’Yeu (zone spéciale de conservation);
• mares temporaires du terrain militaire de Frasselli/Bonifacio (zone spéciale de conservation).